約1900年前の垂仁天皇の時代に創建されました。高千穂にある八十八社の総社です。境内には鎮石(しずめいし)という垂仁天皇の命により伊勢神宮と高千穂神社に設置された、願いを込めて祈ることで世の中の乱れや人の悩みが鎮められるといわれる石のほか、伝源頼朝が奉納したと伝わる国指定重要文化財の鋳鉄製の狛犬もあります。
阿蘇火山活動の噴出した火砕流が五ヶ瀬川流れ出し、 急激に冷却されたために柱状節理のすばらしい懸崖となった渓谷です。
高千穂峡は、1934年(昭和9)11月10日名勝・天然記念物に指定されています。
付近には日本の滝100選にも選ばれた真名井の滝、槍飛橋などがあります。
貸しボートもありますので、滝の迫力を間近で体験することができます。
天照大神(あまてらすおおみかみ)が籠られた天岩戸を祀る神社。
ご神体である「天岩戸」は、西本宮から拝観することができます(要申込)。
境内にはおがたまの木があります。天照大神が岩戸隠れした際、天鈿女命(あめのうずめのみこと)が手に持って踊ったとされるのがおがたまの枝です。